Aradon a honvédsereg egy altábornagyát, tizenegy vezérőrnagyát és egy ezredesét, Pesten az első felelős magyar miniszterelnököt és Fekete Imre gerilla tizedest végezték ki.
Épp bevették a budai várat a diadalittas honvédek és már eldöntött tény volt a cári intervenció, amikor 1849. május 30-án kinevezték a császári-királyi hadsereg új magyarországi főhadparancsnokát, báró Julius Jacob von Haynau táborszernagyot. Az újdonsült fővezér jó „borotvaként” azon az állásponton volt, hogy a honvéd hadsereg tábornoki és törzstiszti karát statáriális úton kivégezteti, s mindazokat, akik 1848 előtt hordták a császár kabátját vagy támogatták a honvédsereget, hadbíróság elé állíttatja. A „bresciai hiéna” nem volt olyan tapintatos, mint elődei, és határozott szándéka volt, hogy Magyarországon a legkíméletlenebb eszközökkel teremtsen rendet, így tervei megvalósításához – I. Ferenc József császár tudtával és beleegyezésével – Bécsből szabad kezet kapott.
Világossá akarta tenni, hogy a kezébe kerültek nem számíthatnak kegyelemre, így akasztatta fel június 5-én báró aranyosmedgyesi Mednyánszky László őrnagyot, Lipótvár erődítési igazgatóját és Gödrösy (Gruber) Fülöp századost, a lipótvári erőd tüzérségi parancsnokát a pozsonyi Szamárhegyen. Július 1-jei győri proklamációjában tudatta, hogy Magyarország és Erdély területén „hadi és ostromállapot” van érvényben és a „magyar pártütéssel kapcsolatos bűntettek és vétségek” esetében a katonai törvénykezés szigora fog minden tekintetben eljárni.
Pozsonyban még hat embert végeztek ki hadbírósági ítélet alapján. Június 18-án Rázga Pál pozsonyi evangélikus hitszónokot főbe lőtték, aki 1848 októberében a helyi nemzetőröket buzdította, és tagja volt a Pozsonyba érkező postát vizsgáló bizottmánynak. Kossuth proklamációit találták meg Mészáros Dávid sopornyai plébánosnál, ezért megvádolták, hogy híveit ellenállásra biztatta, őt július 16-án végezték ki. Stift József kisrippényi földbirtokos több kiáltványt is átadott kihirdetésre, ösztönözte az újoncállítást és kitűzette a magyar trikolórt, amelyekért július 20-án lőtték agyon. Egy császári járőr 1849. januári elfogásáért és lefegyverzéséért július 23-án Bugyik József és Tóth József tardoskeddi földmívesek, valamint Trexler Ferenc jegyző kapott golyót.
A székesfehérvári népfelkelés leverését is kíméletlen megtorlás követte. A császáriak letartóztatták Gáncs Pál szűcsmestert, Havelka Ferenc és Hübner András cserző tímárokat, Kutzka Mihály kovácsmestert, Uitz Ignác kőművest és Varga Mihály szűcsöt, akiket a pesti hadbíróság fegyveres lázadásért halálra ítélt, s augusztus 14-én a pesti Újépületben állított kivégzőosztag elé. Nyolc nappal később hasonló vád alapján lőtték főbe Mezey József kajászószentpéteri jegyzőt Pesten.
Haynau jó hadvezérnek bizonyult a harcmezőn, de a nyári hadjárat végkimenetelét mégis a cári intervenciós hadsereg megjelenése döntötte el. Ezért is tette le a fegyvert Görgei Artúr tábornok az oroszok előtt a világos–szőlősi síkon, hogy ország-világ tudtára adja, a honvédsereget nem a császári hadsereg, hanem a cári túlerő gyűrte le.
Ez a császári bosszúszomjat még inkább fokozta, amit jól példáznak Haynau pár nappal később gróf Joseph Radetzky tábornagyhoz intézett sorai: „A lázadó vezéreket fel fogom köttetni, és minden cs. kir. tisztet, aki a forradalmárok szolgálatába állt, agyon fogom lövetni (…)” Augusztus 22-én Aradon Ormai (Auffenberg) Norbert ezredest, a honvéd vadászcsapatok szervezőjét végezték ki. Erről Haynau egyik levelében számolt be: „(…) megkezdődött a dolog, felakasztattam egy Auffenberg nevű egyént, aki valamikor hadnagy volt a Mazzuchelli ezredben, aztán ezredes és Kossuth segédtisztje. – Kiss, Leiningen, Poeltenberg, Vécsey stb. is követni fogja, mihelyst megérkezik. Az eljárás a lehető legrövidebb lesz, megállapítjuk az illetőről, hogy tisztként szolgált nálunk, és fegyveres szolgálatot teljesített a lázadó hadseregben. Ekképp az eljárásokat a legrövidebb időn belül befejezzük (…) Egy évszázadig nem lesz több forradalom Magyarországon, ha kell, a fejemmel szavatolok érte, mert gyökerestől irtom ki a gazt.”
Ferenc József nem fogadta meg azt a jó tanácsot, amelyet „Európa zsandára”, I. Miklós orosz cár javasolt neki: „Adjunk hálát Istennek, kedves barátom, ezért a kedvező eredményért (…) és alkalmat ad neked, hogy uralkodói jogaink legszebbikét, a helyesen értelmezett kegyelmet gyakorolhasd (…) Kegyelmet a megtévedteknek, barátod kéri ezt számukra (…)”
A hadbíróságok ítéletgyártása vette kezdetét. Augusztus 27-én Pesten a szokolyai református lelkészt, Kantsúr Andrást lőtték agyon, mert egy gerilla különítmény nála hagyott megőrzésre egy császári futártól zsákmányolt pénzes ládát, Schweitzer József nyomdász pedig fegyverrejtegetésért fizetett életével. Három nappal később Fülöp György dunavecsei jegyzőt hasonló vádak alapján lőtték főbe. Szeptember 7-én Streith Miklós vértesboglári katolikus papot végezték ki, aki vádlói szerint kihirdette a függetlenségi nyilatkozatot és fegyveres felkelésre biztatta híveit. Szeptember 12-én Gábel Mátyás selmecbányai bányamestert lőtték agyon, mert házának átkutatásakor fegyvert és Kossuth-bankókat találtak.
Gróf Theodor Baillet von Latour táborszernagy, hadügyminiszer bécsi meglincselésének egyéves évfordulóján, 1849. október 6-án irgalmatlanul lesújtott a császári bosszú: Aradon a honvédsereg egy altábornagyát, tizenegy vezérőrnagyát és egy ezredesét, a pesti Neugebäude (Újépület) udvarán az első felelős magyar miniszterelnököt és Fekete Imre gerilla tizedest végezték ki.
Kazinczi és alsóredmeczi Kazinczy Lajos ezredes október 25-i agyonlövetéséig még tizenegy főn hajtottak végre halálos ítéletet. Október 20-án három, külhoni származású honvédtisztet akasztottak fel Pesten: Peter Giron német születésű alezredest – aki a bécsi felkelés menekültjeiből szervezte meg a német légiót – és két lengyelt: herceg Mieczysław Woroniecki alezredest, a Woroniecki-vadászcsapat létrehozóját, cserneki és tarkeöi Dessewffy Arisztid vezérőrnagy segédtisztjét, és Karol d’Abancourt de Franqueville Nádor-huszárezredbeli alszázadost, gróf Henryk Dembiński altábornagy parancsőrtisztjét. Október 18-án Kolozsvár és Szamosfalva határában két székely tisztet akasztottak fel: csíkszentmihályi Sándor László csíkszéki nemzetőr századost – aki tizenhat fogságba esett oláh felkelőt lövetett agyon – és Tamás András nemzetőr alezredest, Csíkszék nemzetőr főparancsnokát. A hadbíróság a civileket sem kímélte, hiszen október 8-án Pesten lövette agyon Gonzeczky János katolikus tábori lelkészt, október 10-én felakasztatta Csányi László és báró királyfiai Jeszenák János kormánybiztosokat, október 24-én pedig Szacsvay Imre képviselőházi jegyzőt, báró perényi Perényi Zsigmond felsőházi elnököt és Csernyus Manó pénzügyminisztériumi tanácsost. A bosszúállás gépezete könyörtelen volt, ugyanis minden kivégzés után elrettentés gyanánt közszemlére tették ki az elítéltek holttesteit.
Tizennegyedik aradi vértanúként tartja számon a nemzeti emlékezet a Petőfi által versben is megénekelt zádorfalvi és lenkei Lenkey János vezérőrnagyot, akit az őrületbe kergettek és amikor 1850. február 9-én kiszenvedett az aradi várbörtönben, cinikusan jelenthették, hogy a „megtébolyodott és az orvosok által már régen reménytelen esetnek ítélt Lenkey János lázadóvezér végre halál útján fogyatékba jutott.”
A következő hónapokban a hadbíróságok mintegy 600 esetben hoztak halálos ítéletet, ám az európai felháborodás miatt Haynau kénytelen volt azokat negligálni, ám az általa adott kegyelem 10-16-18-20 évig terjedő várfogság vagy sáncmunka volt. Hozzávetőlegesen 120 főt lőttek agyon vagy akasztottak fel, a honvédsereg katonai vezetőit, politikusokat, papokat és lelkészeket, gerillákat, a császári-királyi hadseregből dezertált és a honvédsereghez csatlakozni akaró katonákat – mint például tizenhárom jászkun Nádor-huszárt –, valamint fegyverrejtegetőket.
A császári hatóságok az országgyűlési képviselők mellett hajtóvadászatot indítottak azon tisztek után is, akik a császári-királyi ármádiából kerültek át a honvédsereg kötelékébe, s 1848 előtt szerzett tudásuk révén válhatott a magyar hadsereg a császáriak egyenrangú ellenfelévé, s ezen tisztek miatt volt kénytelen I. Ferenc József a cár segítségét kérni.
1849-ben és 1850-ben mintegy 1200 egykori császári-királyi tiszt került hadbíróság elé. A honvédsereg állományának negyedét, negyven-ötvenezer főt kényszersorozás útján, lefokozott közlegényként vitték el külhoni garnizonokba azzal a szándékkal, hogy „átneveljék” az elvetemült „Kossuth-kutyákat”. Alapos munkát végeztek, ugyanis törvényhatóságonként gyűjtötték be a honvédek névlajstromait, miáltal senki sem kerülhette el a sorozóbizottság elé állítást. Minden állami hivatalnokot és alkalmazottat igazolóbizottsági eljárás alá vontak, ahol górcső alá vették 1848–1849-es tevékenységüket.
Mindennaposak voltak botozások, lefogások, de ezek mellett más retorziók is érhették a honvédekkel rokonszenvező lakosságot. Az 1849. évi nyári hadjárat idején több város és falu kapott kollektív büntetést, nem egy esetben az adott települést fel is gyújtották. Erre a sorsra jutott Bősárkány, Csorna, Csongrád és Losonc. Több ízben fordult elő, hogy a zsidó közösségekre – például Pest-Budán, Cegléden, Kecskeméten és Aradon – róttak ki magas hadisarcot.
A háborús károk mellett Magyarország 66 millió forint értékű Kossuth-bankót vesztett el, hiszen azokat ellentételezés nélkül kellett mindenkinek beszolgáltatnia, s Bécs ezen lépésével a teljes magyar társadalmat büntette meg.
Százhetvenkét esztendővel ezelőtt Magyarországon megállt az élet, s a közhangulatot leginkább Vörösmarty Mihály verssorai adják vissza: „Most tél van és csend és hó és halál. / A föld megőszült; / Nem hajszálanként mint a boldog ember, / Egyszerre őszült meg, mint az Isten […]”
